تأسس الفريق عام 1907. كان هناك فريق في بيرغامو منذ عام 1904 يسمى "FC Bergamo"، والذي أسسه مهاجرون سويسريون. سمي النادي بهذا الاسم تيمناً بشخصية أتالانتا في الميثولوجيا الإغريقية. النادي نشأت بعد دمج مع "Bergamasca". انضم النادي للاتحاد الإيطالي عام 1929، ووصل لدوري الدرجة الأولى عام 1937 ولكنه هبط في الموسم نفسه. عاد النادي إلى الدرجة الأولى في سنة 1940 واستمر في نصاف درجة الكبار حتى سنة 1959 حيث هبط إلى الدرجة الثانية التي أمضى فيها موسم واحد ليعود إلى مكانه المفضل ويستمر فيه حتى سنة 1973 حيث هبط مجددا. بعدها استمر الفريق في الصعود والهبوط عدم مرات حتى وقتنا الحالي.

في سنة 1981 هبط الفريق إلى الدرجة الثالثة ولكنه بقي موسما واحدا ليعود إلى الدرجة الثانية وفي سنة 1984 صعد مجددا للدرجة الأولى. في خلال الفترة الواقعة من 1984 إلى 2009 هبط الفريق 5 مرات في 1987، 1994، 1998، 2003، و2005.